Lidhjet me Gardën Revolucionare dhe karriera ushtarake
Sipas raportimeve, Mojtaba Khamenei u rekrutua në strukturat ushtarake rreth vitit 1987, menjëherë pas përfundimit të shkollës së mesme. Ai mori pjesë në fazat e fundit të luftës mes Iranit dhe Irakut, një konflikt që zgjati nga viti 1980 deri në vitin 1988.
Ai njihet për lidhjet e tij të forta me Islamic Revolutionary Guard Corps, një nga institucionet më të fuqishme në Iran që ka ndikim të madh në politikën dhe sigurinë e vendit.