Akuzat për ndikim politik dhe ndërhyrje në zgjedhje
Emri i Mojtaba Khameneit u bë publik gjatë zgjedhjeve presidenciale të vitit 2005, kur kandidati reformist Mehdi Karroubi e akuzoi atë për ndërhyrje në procesin zgjedhor. Sipas tij, Mojtaba kishte bashkëpunuar me Gardën Revolucionare dhe milicinë Basij për të ndihmuar kandidatin Mahmoud Ahmadinejad.
Akuza të ngjashme u përsëritën edhe gjatë zgjedhjeve të vitit 2009, kur rizgjedhja e Ahmadinejadit shkaktoi protesta të mëdha në Iran. Disa figura reformiste pretenduan se ndikimi i Mojtaba Khameneit ishte vendimtar në mbajtjen e pushtetit nga establishmenti.